在军事领域，无人艇也有着重要的应用。它可以携带电子设备到达目标海域，进行情报搜集、监视和侦察等任务。无人艇可以进行秘密监视、通信中继、电子干扰、电子欺骗等工作，为军事行动提供重要的情报支持。
例如，美国海军的“海上猫头鹰”、以色列军队的“保护者”、法国的“检验者”、日本的OT - 91等无人艇都长期执行此类任务。美军在“持久自由行动”和“伊拉克自由行动”中，曾经使用“斯巴达侦察兵”无人艇执行过情报搜集和侦察任务。
无人艇在反潜作战和反水雷作战方面也具有重要作用。搭载有反潜模块的无人艇可以由舰船携带到目标海域前出探潜，或在主力舰队周围投放，形成向外延伸的移动反潜“保护圈”。一些国家已服役的无人艇，可以持续数月追踪目标潜艇的动向。
在反水雷作战方面，无人艇可以凭借其建造使用成本相对较低、可以大量列装、行动部署精准快速等特点，在较大面积水域高效费比地扫除更多水雷。英国的“翡翠鸟”等无人艇就是专为清扫水雷任务而设计的。
无人艇可以参与海底资源的勘探工作。它可以搭载各种探测设备，对海底的矿产资源、油气资源等进行勘探。通过对海底地形地貌和地质结构的了解，为海洋资源的开发提供重要依据。
例如，在一些深海区域，无人艇可以对海底的矿产资源进行勘探，寻找潜在的资源开发区域。这对于满足人类对资源的需求，推动海洋经济的发展具有重要意义。
无人艇在海洋生态保护方面也可以发挥重要作用。它可以用于海洋生物调查和海洋环境监测，了解海洋生态系统的变化情况。通过对海洋生物的种类、数量和分布的监测，能够及时发现生态问题，并采取相应的保护措施。
在一些海洋保护区中，无人艇可以对保护区内的海洋生态环境进行实时监测，保护海洋生物的生存环境，维护海洋生态平衡。